A-locus (chromosoom 2) – basiskleuren

Op de A-locus liggen o.a. de allelen voor rood, wildkleur, zwart en tan. Deze allelen zijn ook in die volgorde dominant tegenover elkaar, met uitzondering van tan, die co-dominant is.

Deze kleuren vormen de basis van alle anderen kleuren die er zijn en zullen daarom ook altijd vooraan in de codes van alle genotypes geplaatst worden.

A^y – dominant rood

Dit is het dominantste allel uit de A-serie en zal in heterozygote vorm een rode muis geven, van lichtgeel tot intens rood, afhankelijk van de modifiers. Het genotype van een rode muis kan dus op de A-locus A^y/A, A^y/a, of A^y/a^e zijn.

Het zwarte pigment word verwijderd en er blijven enkel gele pigmenten over. De staart, voetzolen en oren zijn licht gepigmenteerd.

In combinatie met het tan-allel en Umbrous (A^y/a^t U/*) word de kleur ook wel sabel genoemd en is de muis donker (zwart) op de rug, rood op de flanken en tan op de buik waarbij de kleuren eerder in elkaar overlopen dan scherp afgetekend te zijn.

Dominant rood word ook wel eens letaal rood genoemd omdat een muis er niet homozygoot (A^y/A^y) voor kan zijn. Muizen die ongelukkiger wijze wel 2 allelen van de ouders overerven, zullen na ongeveer een week ontwikkeling in de baarmoeder afsterven en de foetus word geresorbeerd door de moeder. Ze worden met andere woorden dus nooit geboren. 

Met dit allel zijn ook enkele gezondheidsproblemen verbonden; de meeste hebben obesitas en kunnen aan diabetes lijden en ze hebben ook een verhoogde kans op voedselallergieën en tumoren en in veel gevallen word er ook een verminderde vruchtbaarheid geconstateerd.

Er bestaat een ander gen dat voor dezelfde kleur kan zorgen, het e-allel op de E-locus (chromosoom 8) en deze is recessief, niet letaal en heeft geen verhoogde kans op de gezondheidsproblemen van dominant rood. Het word dan ook recssief rood/geel genoemd.

In labo's noemt men dominant rood eigenlijk dominant geel aangezien de muis eerst de juiste modifiers moet bezitten om rood te zijn, maar in de hobby hebben we het vaken over rood. 

A – agouti

Agouti is de wildkleur van de muis, dat wil zeggen dat de huismuis in het wild in deze kleur voorkomt. Ze is dominant over zwart, maar niet over rood. Het genotype van een agouti muis kan dus op de A-locus A/A, A/a of A/a^e zijn.

De haren zijn afwisselend zwart met een gele band in het midden en effen zwarte haren, waardoor de muis er bruinig uitziet met zwarte ‘ticking’ en een zwarte ondervacht. De kleur kan gaan van een zeer bruine muis met dun verdeelde zwarte ticking (zoals de wilde muis) tot bijna zwart met een diep roodbruine schijn. De staart, voetzolen en oren zijn bruin tot zwart.

Agouti is de basis van kleuren met ticking, zoals cinnamon, zilveragouti, argente, e.d..

a – zwart

Zwart is recessief tegenover rood en agouti en het genotype op de A-locus kan enkel a/a of a/a^e zijn.

De muis heeft volledige zwarte haren, met uitzondering van de haren rond de geslachtsdelen en op de staart, voetjes en oren, die geel pigment kunnen blijven hebben. De staart, voetzolen en oren zijn bruin tot zwart.

Zwart is de basis van de effen kleuren, zoals choco, blauw, beige, e.d..

a^t – tan

Tan is co-dominant met de andere allelen van de A-locus en kan dus voorkomen op een rode, agouti en zwarte muis. Het genotype op de A-locus kan dan ook A^y/a^t, A/a^t, a/a^t, a^e/a^t of a^t/a^t zijn.

Heterozygoot tan zorgt voor een gele tot roestbruine buik van onder de kin, over de keel, aan de binnenkant van de pootjes, tot aan de onderkant van de staartaanzet. De rest van het lichaam behoud de kleur van het andere allel en word de dekkleur genoemd. Soms kan de tan kleur ook over de pootjes te zien zijn en kan er op de keel wat van de dekkleur doorkomen, deze worden als een fout gezien op keuringen.

Homozygoot tan (a^t/a^t)  zorgt voor een zwarte muis met een tan buik, dus het tan allel zelf zorgt voor een zwart lichaam, en word dus ook wel het zwart-tan (black & tan) allel genoemd.

Tan wordt deze beschouwd als een tekening of uitmonstering en niet als een kleur.

a^e – Extreem zwart

Extreem zwart is het laagste allel uit de A-serie en het enige genotype dat fysiek tot uiting komt is a^e/a^e.

Elk haartje op de muis is volledig zwart. De staart, voetzolen en oren zijn bruin tot zwart.

Verder liggen er nog enkele andere allelen op de A-locus die hier niet in de hobby voorkomen. Een daarvan is A^vy en zorgt voor een gele tot rode muis met zwarte of agouti strepen en word wel eens tijgerschildpad of Amerikaans schildpad genoemd en dit allel heeft dezelfde gezondheidsproblemen als dominant rood en is ook lethaal in homozygote vorm. Het komt redelijk algemeen voor in Amerika.

Nog een ander allel is A^w die hetzelfde werkt als tan maar dan in homozygote vorm niet zwart maar agouti is en de buik is veel lichter tot wit. Het komt soms in het wild voor, maar in de hobby is het een zeldzaamheid geworden en het komt in onze streken niet voor.

Extreem zwart (a^e) is met momenten ook weinig voorkomend en word heel vaak met goedgefokte show zwarte verwisseld omdat gele haartjes hier stelselmatig uitgefokt worden.